2000年3月，学校新建科学大楼一幢，并对陈旧校舍、危房进行拆除，平整土地，美化校园。9月，第6、7号教工集资楼（7层42套）竣工。11月，举行首届体育艺术节。
工会主席、语文老师韦绍祥被自治区人民政府授予“广西特级教师”称号。封清池老师入选国家级骨干教师培训。化学老师郑伟、余黎明被评为全国高中化学竞赛优秀辅导员。
2001年4月，学校确立“为了每位学生的发展”的办学理念，使学生经过在校学习，具有适应21世纪需要的各种素质。
4月，学校拆除江边旧房屋，填平清湾江残留在校园内的旧河道，炸掉废河上的石拱桥；用水泥混凝土铺设南北、东西主通道，美化校园环境。9月，投资500万元，兴建一座高质量的礼堂兼食堂，面积5677平方米。
9月，学校抓好体育考生的训练工作，14人参加高考，11人考上体育院校。11月，玉林一中举行78周年校庆暨第20届学生田径运动会活动，有14位同学破学校单项纪录，24位同学破学校团体纪录，是历届运动会中成绩最好的一次。
年末，化学老师李梅、余黎明被评为全国高中化学竞赛优秀辅导员，地理老师陈燕红被评为广西优秀地理教师。
2002年，该校承担国家级课题1项，自治区（省）课题级2项，市（地区）级课题12项，校级课题15项。
6月，学校与加拿大多伦多五湖学院结成友好学校。7月，玉林市教育局批复成立玉林市诚信中学（诚信中学已融入玉林一中总称谓中），为民办性质，共享教育资源，校址在学校西侧，跨清湾江旧河道，新建教学楼2幢6层及公寓式宿舍2幢5层。
9月，学校团委副书记、化学老师李梅获全国高中学生化学竞赛初赛学生培训工作成绩突出奖，化学老师李梅、郑伟、彭裕华、梁琳、彭兴华获2002年全国高中化学竞赛优秀辅导员，体育老师陈春松获自治区贯彻实施《学校体育工作条例》先进个人。
2003年，学校拆除莲花塘旧宿舍、平整旧河道，修建300米塑胶环形跑道，内环人造草坪足球场、水泥篮球场6个、排球场5个以及单双杠运动器械场。5月，重建新校门，建筑面积214平方米。校门上方横排着“玉林市第一中学”（仍用钟家佐题书字迹）7个大字。校门前，立着两米多高的石狮一对。9月，建立校史室。
学校总务处园艺师黄诗龙被林业部科学技术司授予2003年“ABT和CCR”系列研究与推广工作一等奖。语文老师文巍的教学论文《诗歌形象审美教育初探》被广西教育厅、《中学文科》评为一等奖。8月，该校获得全国青少年科技创新大赛优秀组织奖、广西青少年科技创新大赛一等奖。9月，科研主任、生物老师封清池被自治区人民政府授予“特级教师”称号、“广西优秀科技教师”称号。12月，该校被评为自治区“爱科学月”先进集体。
2004年1月，该校被广西壮族自治区教育厅批准为第二批通过的省级示范性普通高中。9月，诚信中学学生宿舍楼建成投入使用。11月，历史老师梁业获广西高中历史研究性学习评比活动第一名。12月，诚信中学教学大楼建成投入使用。
3月，封清池老师被评为玉林市第四批专业技术拔尖人才，享受市政府特殊津贴，被授予“全国优秀教师”称号。12月，该校团委副书记李梅评为自治区优秀科技辅导员。年内，该校副校长陶标、教务处副主任李普良、数学组组长覃干兴、英语老师梁毅入选广西“园丁工程”第二期A类培养对象。
语文老师、工会主席韦绍祥的全国课题《研究性学习在语文教学中的应用》获全国教育科学课题组立项；韦瑞臻校长的课题《民族地区高中多媒体课件在教学中的应用》也获得立项。一个中学同时获得两个全国课题立项是全国罕见的。语文教师韦挺获《全国中小学优秀作文选》优秀辅导老师奖，李梅获全国高中化学学生竞赛（省级赛区）培训工作突出贡献奖、被评为全国高中化学竞赛优秀辅导员。12月，副校长陶标的教学论文《从七宝中学的办学方向看素质教育的实施》和《新世纪新思想新观念新举措》在《东方教育》发表，两篇论文同时获《东方教育》优秀教研成果一等奖。
2005年，该校获广西青少年科技创新大赛优秀组织奖。4月，校长韦瑞臻被评为玉林市先进工作者。10月，英语老师刘竞获玉林市高中英语教学成果一等奖。10月，封清池老师被广西师大聘为教育硕士专业学位兼职研究生导师、广西“21世纪园丁工程”第二期A类培训对象导师。10月，体育老师梁兵获自治区贯彻《学校体育工作条例》先进个人。12月，该校逸夫图书馆竣工投入使用。
2006年，学校获自治区学生军训工作先进单位、广西教育工作先进集体、自治区青少年科技创新大赛优秀组织奖。
年内，封清池老师获中国西部开发突出贡献奖，团委书记李梅被授予自治区红十字会先进工作者，化学实验员牟崇甡制作的“甲烷取代反应演示器”教具在第六届全国优秀自制教具评选活动中获一等奖。
2007年，自治区体育局授予玉林一中“2004—2007年全区群众体育先进单位”。同年，该校制定“玉林市第一中学教育奖励基金会章程”。
历史老师梁业获全国高中历史课堂教学竞赛二等奖，科研处主任封清池获“全国模范教师”称号、“全国教育系统巾帼建功标兵”称号。电教组老师杨晓洁代表广西参加第十一届全国多媒体教育软件大奖赛现场决赛，作品《算法——程序设计的灵魂》Scienee Word优秀教案设计，获一等奖。年内，物理组梁涛入选广西“园丁工程”第二期A类培养对象。
10月，该校1957年毕业部分校友回校考察访问，其中混合炸药专家蒋承炜（鬱林第一初中第10班）作报告，主要谈了他的成长之路，并详细回答了同学们提出的问题。第九届“英特尔杯”全区中小学信息技术与学科教学整合观摩展示活动周在玉林一中举行,共有2.5万人次参加。